學生畢業(yè)院校的水平及層次成為部分大學審查的重點之一。目前看，越來越多的國立大學已經了解到三本院校的情況及存在，因此，三本院校畢業(yè)的學生在選擇院校時應避開此類大學，爭取申請到更好的院校。

日本大學及各個日本教授對日語能力重視程度再度加強。目前，原則上大部分日本國立大學都將日語N1的合格成績作為出愿的必要條件。而理工類學生如果沒有N2以上的能力，也很難獲得教授的青睞。

無論是文科還是理科，如果沒有英語托福或者托業(yè)成績，在申請過程中劣勢顯露無疑。另外越來越多的日本大學，包括私立大學開始重視英語課程的開設，因此展望在不遠的將來，會有更多學生憑借英語成績赴日讀研。